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文章复现Targeting the senescence-related genes MAPK12 and FOS to alleviate osteoarthritis.pptx
- 1. Abteilung und/oder Titel Abteilungund/oder Titel Datum September 2025 文章复现 -01 Targeting the senescence-related genes MAPK12 and FOS to alleviate osteoarthritis
- 2. 2 文章概览 -Mind map Targetingthe senescence-related genes MAPK12 and FOS to alleviate osteoarthritis
- 3. 3 火山图解读 每个点代表一个基因 -log10 （ pvalu e）： p 值取 -log10 之后的数值； -log10 0.05 = 1.301 P 值越小 - log10 （ pvalue ）越 大 log2FC ： log2Fold change: 差 异倍数，绝对值越大，差异越大 虚线代表设定的阈值； 一般情况： FC 设定为 1.5 或者 2 logFC = 0.58 或者 1 ； P 为 0.05 ， - log10 （ pvalue ） = 1.301 蓝色代表下调； 红色代表上调； 灰色代表不变
- 4. 4 火山图解读 - log2FC 均值（ mean）： meanControl = 1 ； meanTreat = 2 Fold Change = meanTreat / meanControl =2/ 1=2 Log2FoldChange=log22 =1 Control 1 Control 2 Control 3 Treat 1 Treat 2 Treat 3 1 1 1 2 2 2 均值（ mean ）： meanControl = 2 ； meanTreat = 1 Fold Change = meanTreat / meanControl =1/ 2= 0.5 Log2FoldChange=log20.5 =-1 Control 1 Control 2 Control 3 Treat 1 Treat 2 Treat 3 2 2 2 1 1 1
- 5. 5 热图解读 分组信息 每一行代表一个基因 每一行颜色反应该基因在 Control 以及 Treat组的相对表 达变化。 分组信息图例 树状聚类信息 每个基因的 Z-score ： 通过色阶区分基因在 Treat 组上下 调； 蓝色表示下调，红色表示上调。
- 6.
- 7. 7 富集分析 -GO GO （Gene Ontology ）从三个方面描述基因的功能： BP ：生物过程（ Biological Process ） 如细胞周期、凋亡、炎症反应等 CC ：细胞组分（ Cellular Component ） 如细胞膜、线粒体、核糖体等 MF ：分子功能（ Molecular Function ） 如酶活性、离子通道、结合功能等
- 8. 8 富集分析 -KEGG KEGG(Kyoto Encyclopediaof Genes and Genomes) 是一个系统性的数据库，收录了大量的信号通 路、代谢网络、疾病机制等。我们可以通过 KEGG 分析，探索这些差异基因集中在哪些代谢途径或 信号通路中，例如钙信号通路、 Wnt 通路、细胞周期通路等。