Imagino que você já tenha sua primeira conta configurada e está fazendo/já fez o processo de autenticação SSH para a segunda conta, criando uma segunda chave e adicionando ao Github/Bitbucket/Gitlab/Outro da sua escolha e deu merda na hora de fazer o git clone do projeto.
Como resolver
Dentro da pasta que guarda suas chaves, geralmente ~/.ssh você vai criar um arquivo config.
Supondo que você quer deixar a chave que já está funcionando como default e quer que essa segunda chave funcione apenas para casos especiais, como esse repositório ou alguns repositórios que você vai fazer clone em seguida. Você vai adicionar uma regra no arquivo ~/.ssh/config para esses repositórios:
Host caso-especial HostName github.com IdentityFile ~/.ssh/segundachave_id_rsa Ao clonar o repositório, ao invés de usar o comando que o Git sugere, você vai usar algo como: git clone git@caso-especial:organizacao-dono-do-repo/repo.git. E tchana nana na.

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Valeu pela dica! Simples e direto.