perl中SNP2CAPS怎么用

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SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl   chr5D:9950377.fa_1    link_gcg    AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII   > chr5D:9950377.txt 其中...

SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法：

perl SNP2CAPS.pl   chr5D:9950377.fa_1    link_gcg    AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII   > chr5D:9950377.txt

其中chr5D:9950377.fa_1为SNP两端各150bp的序列；link_gcg限制性内切酶数据库；之后为分析用到的限制性内切酶列表 ；chr5D:9950377.txt为输出文件

chr5D:9950377.fa_1示例： >chr5D:9950377_Ref ACAACTTTATCTCGTATTTCATAGCAGTAGCCAACCAATCTTATGATATTTTGATGTTGGGCCCTCATAAGATTCAGAAGCTCATTCTTAAAACCAGCTTCGACTAGTCCGGGCTGGTTGTACAGTTTCTTCACGGCAATCACTTCCCCGTTATCAAGTACTCCCTGTTCAAAATCCCATGTTTAAAAGTAATAATGCAAGGGTTCAGGTAGCTAGTGTAGTGGTGGCATCTGTTTAAAAGTATTATTTTTTTCGTAAAATGCGCTTAATTTTCCTCCCAGCAACCTTTCCACCAACTGAT >chr5D:9950377_Alt ACAACTTTATCTCGTATTTCATAGCAGTAGCCAACCAATCTTATGATATTTTGATGTTGGGCCCTCATAAGATTCAGAAGCTCATTCTTAAAACCAGCTTCGACTAGTCCGGGCTGGTTGTACAGTTTCTTCACGGCAATCACTTCCCCGCTATCAAGTACTCCCTGTTCAAAATCCCATGTTTAAAAGTAATAATGCAAGGGTTCAGGTAGCTAGTGTAGTGGTGGCATCTGTTTAAAAGTATTATTTTTTTCGTAAAATGCGCTTAATTTTCCTCCCAGCAACCTTTCCACCAACTGAT

link_gcg文件如果找不到，可在这下载：

链接：https://pan.baidu.com/s/1eJGIOs2O8cULYbAbc83JCA 密码：ru01

输出文件chr5D:9950377.txt示例：#Marker Enzyme  Total size      Restriction Sites       Expected Fragments      Members Predicted CAPS candidates ------------------------- chr5D:9950377   AbaCIII 301     153     153,148 Alt chr5D:9950377   AbaCIII 301             301     Ref chr5D:9950377   AciI    301     148     153,148 Alt chr5D:9950377   AciI    301             301     Ref chr5D:9950377   BscGI   301             301     Alt chr5D:9950377   BscGI   301     148     153,148 Ref chr5D:9950377   BspACI  301     148     153,148 Alt chr5D:9950377   BspACI  301             301     Ref chr5D:9950377   FauI    301     155     155,146 Alt chr5D:9950377   FauI    301             301     Ref chr5D:9950377   LlaG50I 301     133     168,133 Alt chr5D:9950377   LlaG50I 301     133,150 151,133,17      Ref chr5D:9950377   SsiI    301     148     153,148 Alt chr5D:9950377   SsiI    301             301     Ref Following markers could not be converted into CAPS --------------------------------------------------

如果输出文件很多，这里有脚本可以批量提取酶信息，脚本如下。

#!/usr/bin/perl -w use strict; use warnings; use Getopt::Long; use Config::General; use Cwd qw(abs_path getcwd); use FindBin qw($Bin $Script); use File::Basename qw(basename dirname); use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; my $version = "1.3"; ## prepare parameters ####################################################################### ## ------------------------------------------------------------------------------------------- ## GetOptions my %opts; GetOptions(\%opts, "id=s", "od=s", "h"); my $od = $opts{od}; $od = abs_path($od); my $id = $opts{id}; $id = abs_path($id); open(OUT,">$od/caps_out.txt") || die "open $od/caps_out.txt failed\n"; my @sample = glob ("$id/*.txt"); foreach my $i (@sample){ my $basename = basename ($i); open(IN,"$i") || die "open $i failed\n"; while(<IN>){ next if(/^S2C#Format:/); next if(/^#/); next if(/^Predicted CAPS candidates/); next if(/^-/); next if(/^Following markers could not be converted into CAPS/); next if(/^$/); next if(!/\t/); print OUT $_; } close(IN); } close(OUT);

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