perl怎么画韦恩图

本篇内容主要讲解“perl怎么画韦恩图”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“perl怎么画韦恩图”吧!

用法如下：

perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls  -od out

该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件，All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成的，*_DEG.final.xls分别是两个差异组合的。trans_full_table.xls是总的所有基因统计文件。

Usage Forced parameter:         -in     All_DEG_venn.xls      <infile>   must be given -od          outdir                   <dir>     must be given -id1         left DEG.final.xls       <infile>     must be given -id2         right DEG.final.xls      <infile>     must be given -k     noRef_trans_full_table.xls (kegg anno)       <infile>     must be given Other parameter: -h           Help document

脚本代码：

#!/usr/bin/perl -w use strict; use warnings; use Getopt::Long; use Data::Dumper; use Config::General; use Cwd qw(abs_path getcwd); use FindBin qw($Bin $Script); use File::Basename qw(basename dirname); use Math::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; my $version = "1.3"; ## prepare parameters ####################################################################### ## ------------------------------------------------------------------------------------------- ## GetOptions my %opts; GetOptions(\%opts,  "in=s", "id1=s", "id2=s", "k=s", "od=s","h"); if(!defined($opts{in}) || !defined($opts{id1}) || !defined($opts{k}) || !defined($opts{id2}) || !defined($opts{od}) ||defined($opts{h})) { print <<"Usage End."; Description: $version:lefse analysis Usage Forced parameter:     -inAll_DEG_venn.xls<infile>   must be given -od         outdir                   <dir>     must be given -id1         left DEG.final.xls                     <infile>     must be given -id2         right DEG.final.xls                     <infile>     must be given -k noRef_trans_full_table.xls (kegg anno) Other parameter: -h           Help document Usage End. exit; } open(IN,"$opts{in}")||die "open file $opts{in} failed.\n"; my %left; my %right; my %center; while(<IN>){ next if(/^all_id/); chomp; my @line = split ("\t",$_); if($line[1] ne "-" && $line[2] eq "-"){ $left{$line[0]} = $line[0]; } if($line[1] eq "-" && $line[2] ne "-"){ $right{$line[0]} = $line[0]; } if($line[1] ne "-" && $line[2] ne "-"){ $center{$line[0]} = $line[0]; } } close(IN); open(IN,"$opts{k}") || die "open file $opts{k} failed.\n"; open(ID1,"$opts{id1}")||die "open file $opts{id1} failed.\n"; open(ID2,"$opts{id2}")||die "open file $opts{id2} failed.\n"; my %kegg; while(<IN>){ chomp; my @line = split("\t"); if(/^#/){print "$line[23]\n\n";} $kegg{$line[0]} = $line[23]; } close(IN); my %deg1; while(<ID1>){ next if(/^#/); chomp; my @line = split("\t"); $deg1{$line[0]} = $_; } close(ID1); my %deg2; while(<ID2>){ next if(/^#/); chomp; my @line = split("\t"); $deg2{$line[0]} = $_; } close(ID2); open(UP,">$opts{od}/left_up.txt")||die "open file $opts{od}/left_up.txt failed.\n"; open(DOWN,">$opts{od}/left_down.txt")||die "open file $opts{od}/left_down.txt failed.\n"; while((my $key,my $value) = each %left){ my @line = split("\t",$deg1{$key}); if($line[7] eq "up"){ print UP "$deg1{$key}\t$kegg{$key}\n"; } if($line[7] eq "down"){ print DOWN "$deg1{$key}\t$kegg{$key}\n"; } } close(UP); close(DOWN); open(UP,">$opts{od}/right_up.txt")||die "open file $opts{od}/right_up.txt failed.\n"; open(DOWN,">$opts{od}/right_down.txt")||die "open file $opts{od}/right_down.txt failed.\n"; while((my $key,my $value) = each %right){ my @line = split("\t",$deg2{$key}); if($line[7] eq "up"){ print UP "$deg2{$key}\t$kegg{$key}\n"; } if($line[7] eq "down"){ print DOWN "$deg2{$key}\t$kegg{$key}\n"; } } close(UP); close(DOWN); open(UP,">$opts{od}/center_up.txt")||die "open file $opts{od}/center_up.txt failed.\n"; open(DOWN,">$opts{od}/center_down.txt")||die "open file $opts{od}/center_down.txt failed.\n"; open(DIFF,">$opts{od}/center_diff.txt")||die "open file $opts{od}/center_diff.txt failed.\n"; while((my $key,my $value) = each %center){ my @line1 = split("\t",$deg1{$key}); my @line2 = split("\t",$deg2{$key}); if($line1[7] eq "up" && $line2[7] eq "up"){ print UP "$deg1{$key}\t$deg2{$key}\t$kegg{$key}\n"; }elsif($line1[7] eq "down" && $line2[7] eq "down"){ print DOWN "$deg1{$key}\t$deg2{$key}\t$kegg{$key}\n"; }else{ print DIFF "$deg1{$key}\t$deg2{$key}\t$kegg{$key}\n"; } } close(UP); close(DOWN); close(DIFF);

到此，相信大家对“perl怎么画韦恩图”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是亿速云网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！