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如何使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

发布时间:2021-07-24 10:08:59 来源:亿速云 阅读:532 作者:chen 栏目:大数据

如何使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

引言

癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是一个广泛使用的公共数据库,包含了多种癌症类型的基因组、转录组、表观基因组和临床数据。cBioPortal是一个开源平台,专门用于探索和分析癌症基因组数据。通过cBioPortal,研究人员可以轻松访问和可视化TCGA数据,从而加速癌症研究。本文将详细介绍如何使用cBioPortal查看和分析TCGA肿瘤数据。

1. 访问cBioPortal

首先,打开浏览器并访问cBioPortal的官方网站:https://www.cbioportal.org/。cBioPortal提供了两个主要版本:公共版本和本地版本。公共版本可以直接使用,而本地版本则需要下载和安装。

2. 选择数据集

在cBioPortal的主页上,点击“Select Studies”按钮,进入数据集选择页面。这里列出了所有可用的数据集,包括TCGA数据集。你可以通过以下方式筛选数据集:

  • 癌症类型:选择你感兴趣的癌症类型,如乳腺癌、肺癌等。
  • 数据来源:选择TCGA作为数据来源。
  • 样本数量:根据样本数量筛选数据集。

选择好数据集后,点击“Submit”按钮进入数据概览页面。

3. 数据概览

在数据概览页面,你可以看到所选数据集的基本信息,包括样本数量、基因突变频率、拷贝数变异等。页面顶部有几个选项卡,分别是:

  • Summary:显示数据集的总体信息。
  • OncoPrint:展示基因突变、拷贝数变异和表达变化的可视化图表。
  • Mutations:显示基因突变的具体信息。
  • CN Segments:展示拷贝数变异的数据。
  • Plots:提供多种数据可视化选项。

4. 使用OncoPrint查看基因变异

OncoPrint是cBioPortal中最常用的功能之一,它可以直观地展示基因变异情况。在OncoPrint页面,你可以看到每个样本的基因突变、拷贝数变异和表达变化。你可以通过以下方式自定义OncoPrint:

  • 选择基因:在页面左侧的基因列表中,选择你感兴趣的基因。你可以选择单个基因或多个基因。
  • 调整显示顺序:点击“Sort by”按钮,可以选择按样本或基因排序。
  • 下载数据:点击“Download”按钮,可以下载OncoPrint的图像或数据。

5. 查看基因突变详细信息

在Mutations页面,你可以查看每个基因的突变详细信息。页面顶部有一个基因选择框,输入你感兴趣的基因名称,页面会显示该基因的突变频率、突变类型和突变位置。你还可以点击每个突变条目,查看更详细的注释信息,如突变的功能影响、已知的临床意义等。

6. 分析拷贝数变异

在CN Segments页面,你可以查看拷贝数变异的数据。页面顶部有一个样本选择框,输入你感兴趣的样本ID,页面会显示该样本的拷贝数变异情况。你可以通过调整页面下方的参数,如阈值、染色体范围等,来定制化显示内容。

7. 使用Plots进行数据可视化

Plots页面提供了多种数据可视化选项,包括散点图、箱线图、生存曲线等。你可以通过以下步骤创建图表:

  • 选择图表类型:在页面左侧的图表类型列表中,选择你感兴趣的图表类型。
  • 选择变量:在页面右侧的变量选择框中,选择X轴和Y轴的变量。
  • 调整参数:根据需要调整图表的参数,如颜色、大小、标签等。
  • 下载图表:点击“Download”按钮,可以下载图表的图像或数据。

8. 进行生存分析

cBioPortal还提供了生存分析功能,可以帮助你评估基因变异对患者生存率的影响。在Survival页面,你可以选择基因、突变类型、样本分组等参数,生成生存曲线。你可以通过以下步骤进行生存分析:

  • 选择基因:在页面左侧的基因列表中,选择你感兴趣的基因。
  • 选择突变类型:在页面右侧的突变类型列表中,选择你感兴趣的突变类型。
  • 选择样本分组:在页面下方的样本分组框中,选择你感兴趣的样本分组方式。
  • 生成生存曲线:点击“Submit”按钮,生成生存曲线。

9. 下载数据

cBioPortal允许用户下载所选数据集的所有数据。在数据概览页面,点击“Download”按钮,可以选择下载基因突变数据、拷贝数变异数据、表达数据等。下载的数据可以用于进一步的分析和研究。

10. 使用API进行高级分析

对于需要更高级分析的研究人员,cBioPortal提供了RESTful API,可以通过编程方式访问和查询数据。API文档可以在cBioPortal的官方网站上找到。通过API,你可以实现自动化数据查询、批量下载、自定义分析等功能。

结论

cBioPortal是一个功能强大且易于使用的工具,可以帮助研究人员快速访问和分析TCGA肿瘤数据。通过本文的介绍,你应该已经掌握了如何使用cBioPortal查看基因突变、拷贝数变异、表达数据,并进行生存分析和数据可视化。希望这些信息能够帮助你在癌症研究中取得更多进展。

参考资料


通过以上步骤,你可以充分利用cBioPortal的强大功能,深入挖掘TCGA肿瘤数据的潜力,为癌症研究提供有力支持。

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