В процессе изучения функционала библиотек сделал такую ситуацию:

Лог = Логирование.ПолучитьЛог("oscript.lib.v8runner"); СпособВыводаВФайл = Новый ВыводЛогаВФайл(); СпособВыводаВФайл.ОткрытьФайл("log2.txt",,Ложь); Лог.ДобавитьСпособВывода(СпособВыводаВФайл); УправлениеКонфигуратором = Новый УправлениеКонфигуратором; УправлениеКонфигуратором.УстановитьИмяФайлаСообщенийПлатформы("log2.txt", Ложь); 

(далее три вызова конфигуратора)

Проблема может и выдуманная и делать так нельзя (один файл для logos, второй для 1С), но тем не менее в такой ситуации получаем, что информация в лог выводится не верно (сначала "задваивается", а потом "затраивается"). Если поиграться с флагами очистки лога - получим другие неприятные ситуации.

Почему захотел два лога:
Хотел видеть отдельно вывод 1С и отдельно logos.
Например, уровень logos по дефолту = 1 не выводит стандартный вывод 1С.
Это кажется спорным.

Т.к. параметр /OUT может быть только один - по идее можно выводить инфу из временного файла в файл 1С. Соответственно, для этого держать два параметра имен файлов и два отдельных флага очистки. И не мешать их между собой.
Если такой ерундой заниматься нет охоты, то как минимум стоит проверять одновременную установку и пересмотреть уровень вывода 1С.