Программа принимает на вход два файла. Они содержат последовательности a и b длины n и m соответственно, m <= n. Выходом программы является список позиций строки a, на которых b входит в a.

Пример входа:
Файл HIV-1_AF033819.3.txt и файл со следующим содержимым:

AAGCCTCAATAAAGCTT 

Пример выхода:

65 9150 9182 

Программа для выравнивания двух последовательностей над алфавитом {A, C, G, T}.
Входом программы является файл с тремя строчками. Первая строка содержит три числа - стоимость совпадения, несовпадения и гэпа. Две следующие строки -- последовательности для выравнивания. Выходом программы является одно число -- значение скора для наиболее оптимального выравнивания.

Пример ввода:

1 -1 -2 GGGCGACACTCCACCATAGA GGCGACACCCACCATACAT 

Добавить в программу восстановление оптимального выравнивания, для которого достигается максимальный скор. Выходом программы является значение максимального скора, а под ним -- запись двух строк одна под другой с внесенными в строки гэпами. Совпадающие символы на одинаковых позициях отмечаются вертикальной чертой.

Пример вывода:

10 GGGCGACACTCCACCATAGA- || |||||| |||||||| | GG-CGACAC-CCACCATACAT 

Программа для проверки соответствия последовательности над алфавитом {A, C, G, T} регулярному выражению.
Входом программы является файл с двумя строчками. Первая строка содержит последовательность, для которой будет проверяться соответствие. Вторая строка содержит паттерн, содержащий символы из алфавита и следующие символы:

• . -- соответствует любому отдельному символу из алфавита;
• ? -- соответствует любому отдельному символу из алфавита или отсутствию символа;
• + -- соответствует нулю или более повторений предыдущего элемента;
• * -- соответствует любой последовательности символов из алфавита или отсутствию символов.

Выходом программы является Истина/Ложь - соответствует ли заданная последовательность паттерну.

Пример ввода:

GGCGACACCCACCATACAT G?G*AC+A*A. 

Пример вывода:

True 

Строки s1 и s2 k-подобны (для некоторого неотрицательного целого числа k), если возможно поменять местами две буквы в s1 ровно k раз так, чтобы результирующая строка была равна s2.

Программа для проверки k-подобия двух последовательностей над алфавитом {A, C, G, T}.
Входом программы является файл с двумя строчками. Выходом программы является наименьшее k, для которого s1 и s2 k-подобны. Если строки не являются анаграммами, вывести сообщение об ошибке.

Пример ввода:

GGCGACACC AGCCGCGAC 

Пример вывода:

3 

Программп для минимальной оконной подстроки для последовательности над алфавитом {A, C, G, T}.
Входом программы является файл с двумя строчками s и t. Оконной подстрокой строки s называется подстрока, содержащая все символы, входящие в строку t (включая дубликаты). Выходом программы является оконная подстрока минимальной длины. Если оконной подстроки нет, вернуть пустую строку.

Пример ввода:

GGCGACACCCACCATACAT TGT 

Пример вывода:

GACACCCACCATACAT