GO注释文件中多行变两列和两列变多行

test_Gene2GO.txt

ChrSy.fgenesh.gene.10 GO:0003676 ChrSy.fgenesh.gene.12 GO:0003676, GO:0004523, GO:0015074 ChrSy.fgenesh.gene.14 GO:0004674, GO:0005509, GO:0005515, GO:0005524, GO:0006468, GO:0016021, GO:0030247 ChrSy.fgenesh.gene.17 GO:0003676, GO:0004190, GO:0006508, GO:0008270, GO:0015074 ChrSy.fgenesh.gene.21 GO:0004672, GO:0006468 ChrSy.fgenesh.gene.22 GO:0003676, GO:0004523, GO:0015074 ChrSy.fgenesh.gene.26 GO:0006508, GO:0008234 ChrSy.fgenesh.gene.27 GO:001602 

转换一列变多行

• 方法①

test <- read.table("test_Gene2GO.txt", sep = "\t", header = F) library(tidyverse) test %>% separate_rows(V2, sep = ",") 

• 方法②
  • 参考链接

## install.packages("splitstackshape") ## install_github("mrdwab/splitstackshape", ref = "devel") ## 不知道为什么我都不能安装好， 最后下载到本地安装好的 library(splitstackshape) test %>% cSplit(., "V2", ",", 'long') 

多行变两列

• 方法①

 aggregate(test1, by = list(test1$V1), c) %>% transmute(Gene = .$Group.1, GOid = .$V2) 

• 方法②

  
  
  

还有许多简单的命令。。。只是能解决就好了。

附带小惊喜

• https://smach.github.io/R4JournalismBook/HowDoI.html

  • 这个网站收集很多常用功能的函数

    
    
    

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• 然而这图中又有小惊喜 Practical R for Mass Communication and Journalism， 没错，这是刚出版的书籍， 这本书可读性高。
  
  

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至于怎么下载， 大家心里都有万能的下载渠道。。